1、概念不同：
一流大学是主要学科，有一批大师级人才，能够批量培养出产生世界一流的原创基础理论人才的创新型大学。
“高水平大学”通常指“国家建设高水平大学公派研究生项目”高校。
2、指导思想不同：
一流大学坚持中国特色、世界一流，就是要全面贯彻党的教育方针，坚持社会主义办学方向，加强党对高校的领导，扎根中国大地，遵循教育规律，创造性地传承中华民族优秀传统文化，积极探索中国特色的世界一流大学和一流学科建设之路。
高水平大学遵循人的发展规律，培养具有社会责任感、具有引领意识和引领能力的人才；遵循知识发展逻辑与国家战略发展需求，以高水平、高层次的科学研究，引领社会科学技术的发展。
3、历史背景不同：
世界一流大学和一流学科建设，简称“双一流”，建设世界一流大学和一流学科，是中国共产党中央委员会、中华人民共和国国务院作出的重大战略决策。
高水平大学在20世纪90年代期间，中华人民共和国国务院从国家发展的战略高度大力推进世界一流大学和高水平大学建设，通过“985工程”、“985工程优势学科创新平台”、“211工程”、“特色重点学科项目”、“省部共建大学”、“2011计划”等国家层面的工程建设，中国重点大学办学面貌发生了根本变化，总体实力增强，但与世界一流大学相比，存在一定的差距。
